O TESC foi instituído em 1996, quando venceu o processo de licitação aberto pelo Governo do Estado de Santa Catarina que estava em busca de investimentos para a atividade portuária. Assim, o TESC se tornou arrendatário de uma área do Porto de São Francisco do Sul.

A origem da empresa coincidiu com um momento favorável para a economia do Estado, pois o crescimento industrial alcançado necessitava de novas possibilidades para o escoamento da produção.

Inicialmente, foram investidos R$ 30 milhões na construção de um píer acostável, além de uma área para contêineres, entre outras obras importantes.

O ano 2000 foi marcado pela ampliação da capacidade do Terminal, levando a uma melhor identificação com as necessidades do mercado. Três anos mais tarde, o Terminal recebeu o alfandegamento da Receita Federal, mantido em caráter permanente dentro da empresa.

Em 2005, após algumas alterações em sua estrutura acionária, a empresa passou a se chamar TESC – Terminal Santa Catarina S.A., nome que é reconhecido no mercado e que marcou o processo de modernização do terminal.

Nesta época, foi implementado um completo plano de segurança portuária, com fortes investimentos em equipamentos e capacitação de mão-de-obra. Após o aval dos órgãos competentes, foi conferido ao TESC o ISPS Code, habilitando o Terminal a operar no tráfego marítimo internacional.